O edifício é único entre a igreja atual da cidade de Vila Nova de Gaia e os restantes edifícios religiosos 3️⃣ de Coimbra.

Após a construção do castelo em 1527 e de outras importantes residências e edifícios religiosos, a Igreja do Carmo 3️⃣ de Vila Nova de Gaia teve por destino uma das importantes obras de consolidação do edifício.

A Igreja de Nossa Senhora 3️⃣ da Misericórdia foi instituída em 1548 pelo governador de Coimbra, capitão da Praça do Castelo de Coimbra e então bispo 3️⃣ de Coimbra, sendo restaurada em 1551 por D.

Afonso Henriques, então bispo de Guimarães.

Desde que o edifício foi erguido, a Igreja 3️⃣ de Nossa Senhora da Misericórdia se tornou símbolo do poder do Rei de Portugal, estando a estrutura em posição de 3️⃣ maior destaque na sociedade lisboeta, em especial na região histórica daquela cidade, sendo utilizada a partir da imagem da Virgem 3️⃣ com a Cruz de Cristo ladeada por quatro anjos e de uma imagemde um galo.