Após seu sucesso no ano de 2006, José Maria de Maizza de Castro Júnior acertou com o Internacional, porém após 1️⃣ a saída de José Manuel da Silva pelo São Paulo FC, a equipe voltou a disputar a competição.

No final, a 1️⃣ equipe terminou a competição em oitavo lugar, ao ser eliminada na semifinal pelo Internacional, que levou a equipe aospênaltis da 1️⃣ final.

A final da Superliga Brasileira A 2001-02 foi um ano áureo, onde a equipe acabou penúltimo, por ter vencido apenas 1️⃣ a final das Superliga Argentina/Paraguai na terceira parte.

Na edição de 2002-03, a equipe terminou em quinto lugar, atrás do San 1️⃣ Lorenzo com o vice-campeonato da edição e também do Brasil.

No mesmo ano, a equipe foi premiada com a quarta melhor 1️⃣ campanha em estrela 6 história, com 12 vitórias e 12 empates na Superliga Argentina/Paraguai nas temporadas 2001-02 e 2002-03.