O clube não conseguiu conquistar a primeira divisão do certame baiano e foi rebaixado em 1998 pelo rubro-negro baiano.

Ao final 🗝 da temporada, a equipe estava apenas uma temporada fora da elite do futebol baiano, perdendo a Copa do Brasil para 🗝 a seleção do Distrito Federal.

Em 2003 as propostas de profissionalização das equipes de futebol de Ilhéus para a cidade de 🗝 Ilhéus foram rejeitadas pelo Comitê Organizador Local e o clube foi promovido à segunda divisão do futebol profissional da Bahia.

Mas, 🗝 em setembro de 2007, após um

período de trabalho junto a Federação Bahiana de Futebol, o "Águia Clube", juntamente com outros 🗝 clubes das equipes do ASE e do IABB - que haviam pertencido ao "Águia Clube" desde o primeiro ano da 🗝 existência - finalmente entrou com uma petição de dez mil assinaturas ao governo estadual e clubes do estado para se 🗝 tornarem a primeira equipe da Bahia a conseguir um clube oficial de futebol.