No ano seguinte, o clube foi rebaixado à segundona regional da Série D de 2003.

Neste ano em diante, obteve apenas 🌛 um título, perdendo para o América-RN.

Logo, em 2004, foi rebaixado à Série B do Campeonato Gaúcho.

Em 2005, após pouco destaque 🌛 na Série B, o Alianense não conseguia chegar às oitavas-de-final da Copa do Brasil.

No ano seguinte, o Alianense caiu de 🌛 volta para a segunda rodada, perdendo em casa para o River Plate.